Finde es sehr gut, dass Du dich erkundigst. Man sollte bei so Sachen immer auf Nummer sicher gehen.
Bezüglich Skrill sehe ich allerdings auch überhaupt kein Problem. Das ist ein großer Zahlungsanbieter, vollkommen legal. Kann natürlich sein, dass sich irgendwann mal jemand erkundigt was genau du da treibst. Aber so lange die Transaktionen auf Skrill legal sind, kann nichts passieren.

"Er hat gemeint das FA wird sicher eine Anfrage stellen da es sich in Summe auf ca. 20k Zu- und Abbuchen beläuft und ich sonst nur 5k Umsatz habe."
Das ist nicht ausgeschlossen, und ich weiss nicht wie es in Österreich läuft :) Aber normalerweise hat das Finanzamt weitaus besseres zu tun als sich um so einen Blödsinn zu kümmern.